A origem de Senador Canedo está relacionada com a estrada de ferro da Rede Ferroviária Federal. O crescimento da cidade ocorreu na trilha aberta na construção da ferrovia, e as primeiras famílias trabalhadoras eram oriundas do estado de Minas Gerais e Bahia.
O nome da cidade é uma homenagem ao senador Antônio Amaro da Silva Canedo, primeiro representante do estado de Goiás em cenário nacional. Em 1953, o povoado foi elevado à condição de distrito de Goiânia e em 1988, a Assembléia Legislativa de Goiás aprovou a emancipação do município. Foi sancionada como Lei 10.435 de 09 de janeiro de 1988 pelo então governador Henrique Santillo.