O nome do município traz em si parte da sua história. O primeiro registro oficial de São João d’Aliança é de 1910. Consta que o povoado possuía duas casas e uma capela dedicada a São João Batista. Pertencia ao Município do Forte e se chamava Capetinga, palavra de origem tupi-guarani que segundo moradores significa “água branca” ou “águas claras”. Mais tarde, em louvor ao padroeiro São João Batista, o povoado passou a chamar-se São João da Capetinga.
Entre 11 e 20 de setembro de 1926 a Coluna Prestes atravessou o município, passando por trilhas cavaleiras com uma comitiva de políticos, e por ser este local ponto de apoio da Aliança Liberal, o nome do município foi modificado. Em 22 de abril de 1931, o povoado foi elevado à categoria de vila e denominado São João d’Aliança. O município foi extinto em 1939, quando passou a ser distrito do município de Formosa, e apenas quinze anos depois, em 1º de outubro de 1953, foi novamente elevado à categoria de município.
A cultura do povo de São João d’Aliança está enraizada em três histórias. Do distrito do Forte, vila localizada ao pé da Serra Geral do Paranã, vem a história de uma comunidade negra, provavelmente remanescente de quilombo. Outra história revela a origem europeia pela trajetória que remete ao século XVIII e tem como protagonista Antônio Rebendoleng Szervinsk.
A historiografia brasileira nos esclarece o terceiro eixo que conforma a história do município. No século XIX, com o fim da escravidão, o governo mantinha suas estruturas de poder baseadas no coronelismo dos grandes fazendeiros e nos tecnoburocratas das cidades. As famílias Chrisóstomo, Fernandes, Souza e Carmo detinham o poder na região. Era da Fazenda Olhos d’Água as terras, à beira de nascentes, cedidas para a paróquia e de onde surgiu a vila, por isso chamada Vila Olhos d’Água, que é hoje a cidade de São João d’Aliança. Foram os interesses políticos que fizeram com que, em 1930, a sede do município fosse transferida do Forte, no Vale do Paranã, para a Vila Olhos d’Água, na Chapada dos Veadeiros. A disputa de poder entre os coronéis marcou a história da região e compôs, ao lado da matriz africana e polonesa, os coloridos fios da trama conforme a cultura de São João d’Aliança.