Santa Rita do Novo Destino teve origem no povoado remanescente da Fazenda São Carlos. As terras para formação do povoado foram doadas, por volta de 1960, pelo fazendeiro Leonardo José Waldemar. A comunidade construiu uma igreja e novos habitantes começaram a chegar ao local.
Durante algum tempo, o lugar ficou conhecido como Paletó Rasgado. Há no município uma comunidade histórica de procedência escrava, originária de quilombos, denominada “Comunidade Pombal”, com preservação de costumes, como festas de origem africana.
Elevado à categoria de município com a denominação de Santa Rita do Novo Destino, pela Lei nº 12801, de 27-12-1995, desmembrado de Barro Alto e São Luiz do Norte.