Sua história inicia-se no ano de 1592. Vagas notícias falam que Sebastião Marinho levou para o Rio de Janeiro cristais de Goiás, acredita-se que eram de Cristalina.
Por volta do século XVIII no auge da expansão da mineração pelo interior da Capitania de Goiás que na época pertencia ao estado de São Paulo, as bandeiras vindos da capital Paulista, chegaram em uma grande serra onde encontraram imensa quantidade de cristais de rocha de todos os tipos e tamanhos espalhados pelo chão. Devido a grande quantidade do minério deram à região o nome de Serra dos Cristais.
Porém naquela época o intuito principal das bandeiras era encontrar ouro, não dando importância ao cristal encontrado na região.
Durante muito tempo a região da Serra dos Cristais ficou esquecida. Só no ano de 1879, dois franceses, Etienne Lepesqueur e Léon Laboissière, vindos da cidade vizinha de Peixe Bom, hoje Paracatu, onde comercializavam ouro, enviaram amostras de cristais para Paris na França, onde foram vendidas por bom preço.
Devido a sua pureza e qualidade, os cristais foram transformados em instrumentos de ótica e em belíssimas peças de artesanato e tendo ido enfeitar as casas da burguesia francesa, trazendo a promessa de grandes lucros.
Em 1880, a dupla de franceses fixou residência na Serra dos Cristais, dando-lhe o nome de São Sebastião da Serra dos Cristais, no local conhecido como Serra Velha, em busca do rico mineral, iniciando assim a exploração do garimpo na região.
A partir de 1884, a ideia de riqueza fácil encantava, haja vista que o cristal era apanhado com fartura na superfície do solo. Com a repercussão dessa notícia, fixaram-se na região pessoas das mais variadas localidades, vindo a contribuir para o desenvolvimento da localidade.
Como nessa época todos tinham altíssimos lucros com a comercialização do cristal, o produto perdera seu valor, tamanha era a facilidade de consegui-lo. Com a divulgação dessa situação, muitos bandidos e criminosos se dirigiram para a localidade.
Para tentar devolver a tranquilidade à região, em 1901, Marciano Aguiar, Nicolau Batista de Oliveira, Plácido de Paiva e outros foram até a cidade de Goiás, que na época era capital do estado, pedir ao governo estadual que elevasse o Arraial de São Sebastião da Serra dos Cristais a categoria de distrito de Santa Luzia de Goiás, hoje Luziânia, o que de fato aconteceu pela Lei Estadual n° 15, de 12 de outubro de 1901, com o novo distrito passando a se chamar São Sebastião dos Cristais.
Em 16 de janeiro de 1916, Marciano Aguiar, Nicolau Batista de Oliveira, Jovino de Paiva, João José Taveira, Gustavo Edinger e outros conseguiram a elevação do distrito à categoria de vila, anexada ao município de Santa Luzia (hoje Luziânia), e em julho do mesmo ano, pela Lei Estadual nº 533, a vila foi elevada a município autônomo, desmembrando-se de Santa Luzia.
Em 15 de janeiro de 1917, foi oficialmente instalado o município de São Sebastião dos Cristais, com um grande número de pessoas vindas da cidade de Paracatu.
Em 31 de março de 1918, pela Lei Estadual nº 577, o nome São Sebastião dos Cristais foi mudado para Cristalina, sendo este último conservado até hoje.