Os primeiros moradores do município foram antigos colonos e lavradores procedentes de outras regiões. Dona Aldonça Gomes da Silva e sua filha Lina Gomes da Silva, possuidoras de extensa área de terras no Sudoeste do município, são consideradas as pioneiras que mais contribuíram para a formação de Cabeceiras.
O povoado começou a se formar em torno de uma capela. Com o crescimento da população, surgiram as primeiras escolas. Estas atraíram fazendeiros provenientes de Santa Bárbara, Monjolo e cidades mineiras próximas da divisa com Goiás.
O distrito de Cabeceiras foi criado em dezembro de 1952. A autonomia político-administrativa veio em 1959, iniciativa do vereador Sebastião Viana Lobo, de Formosa. O nome Cabeceiras relaciona-se às várias nascentes dos rios e córregos do município, como o Bezerra, Urucuia, Taboca, Cachoeira, Roncador, Salobro e outros.
O município localiza-se no Planalto Central ao extremo Leste de Goiás e pertence à região geoeconômica de Brasília. A Leste e ao Sul faz divisa com o Estado de Minas Gerais.
Cabeceiras é rico em pontos turísticos, principalmente para quem gosta de esportes aquáticos e pescarias. O Recanto da Cachoeira, local ideal para banhos e acampamentos, fica apenas a 13 quilômetros da cidade. A Lagoa do Mato Grande, distante 6 quilômetros da sede do município, é um local ideal para a prática do Jet-ski, canoagem e pescarias.