Em 1849, uma lei do império criou, próximo à aldeia Karajá, o presídio Leopoldina, localizado próximo a um porto, o presídio foi destruído pelos Karajá, sendo reconstruído três anos depois formando-se ali um povoado.
Com a criação da Comarca do Araguaia em 07/08/1875, o povoado logo evoluiu-se para distrito. Nesta época, a comunicação com a capital Vila Boa era feita a pé, ou em burros e mulas, com duração de até 5 dias. O isolamento, do então distrito de Santa Leopoldina, levou os moradores a improvisarem meios de sobrevivência. Por exemplo, a linha de pescar era feita com fios do rabo de cavalo, torcida e emendada, sendo os anzóis feitos com alfinetes.
Em 18/12/1958, o então Governador José Feliciano Ferreira, concedeu a emancipação política do distrito, passando a chamar-se Aruanã, nome de um peixe abundante na região, o qual ilustra o brasão do município. Aruanã também é o nome de uma dança sagrada dos Karajá.