O povoado de São Francisco das Chagas, situado às margens do córrego Raposa, em terras de Francisco Chagas de Assis, surgiu por volta de 1740, pouco depois da fundação de Jaraguá.
O fundador, de caráter fortemente religioso, construiu em sua própria fazenda uma capela de palha em louvor a São Francisco, onde periodicamente rezava o terço em companhia dos lavradores vizinhos, dando origem ao povoamento, cuja economia se firmava na agricultura.
Na divisão administrativa de 1911, o povoado de São Francisco aparece como distrito, integrando o Município de Jaraguá, constando a denominação de “Chagas” na divisão para o quinquênio 1944/1948.
Em 8 de setembro de 1953, pela Lei Estadual nº 768, o distrito foi elevado a município, passando a denominar-se “São Francisco de Goiás“, instalado em 1 de janeiro de 1954.