Em 1934, Custódio Venâncio, fazendeiro mineiro, chegou a Goiás, adquirindo vasta área de terra. Na região de Buriti Alegre. Interessado em fundar um povoado, atraiu outros fazendeiros para o local surgindo então o primeiro núcleo conhecido como Santa Helena, sua protetora Três anos depois, foi construída a primeira estrada de acesso à zona, ligando-a à rodovia Sul Goiânia.
Já em 1941, a Cidade começa a ser edificada, com os primeiros loteamentos e a doação de uma gleba da propriedade de Custódio Venancio.
Dois anos depois, foi escolhido o topônimo indígena Ipeguari, em virtude da região ser banhada pelo ribeirão Campo Alegre: Ipê = Campo e Guari = Alegre. Entretanto, em 1948, a Assembléia Legislativa do Estado atendeu apelo da população, para que fosse mantido o nome de Santa Helena de Goiás em homenagem à Santa Padroeira.
Antigo distrito de Ipeguari do Município de Rio Verde, pela Lei Estadual n.° 191, de 20 de outubro de 1948, foi elevado à categoria de Município com a denominação de Santa Helena de Goiás.