Em meados da década de 1930, romeiros originários de regiões vizinhas, principalmente do Vão dos Angicos, iniciaram a tradição de realizar festa em louvor ao Divino Espírito Santo, na área em que se desenvolveria o povoamento, distante atualmente 111 km de Brasília.
Em 1951, foram doadas terras para a função religiosa por Jerônimo de Amorim, que contribuiu com dez alqueires ao Santo Padroeiro Divino Espírito Santo, localidade onde hoje encontra-se a Igreja do Divino Espírito Santo. Em 1957, o núcleo urbano foi fundado pelo professor, José Monteiro Lima, que dividiu sua Fazenda Barro Alto, em sítios e lotes, doando as famílias sem recursos e vendendo aos que desejavam fixar-se na região, a fim de que o distrito tivesse um grande impulso e logo emancipasse.Essa ocupação desenvolveu-se a cerca de 12 quilômetros à esquerda do rio Maranhão, nas margens do Córrego Barro Alto. O nome de Padre Bernardo foi, de fato, oficializado por lei de 22 de novembro de 1955. A denominação é homenagem ao pároco de Luziânia, que visitava constantemente o novo povoado com o objetivo de realizar casamentos e batizados, além de atender à demanda religiosa da localidade.
1963, através do Projeto de Autoria do Deputado Olinto Meireles, e através da Lei Estadual nº 4797, o distrito foi elevado a categoria de município, constituindo-se termo judiciário da Comarca de Luziânia, ocorrendo sua instalação em 9 de maio de 1964.