Nova Iguaçu de Goiás surgiu com a chegada dos pioneiros Abdias Mendonça, Guilhermina Benedito de Farias e Albertina da Luz, em maio de 1964, quando eles vieram em busca de terras férteis.
A primeira missa do povoado foi celebrada pelo padre José Chaves, em um rancho de palha que também servia de escola. Com a chegada de novas famílias, o povoado cresceu rapidamente.
Nova Iguaçu de Goiás foi emancipada em janeiro de 1991.
Com a emancipação política em 1991, Nova Iguaçu foi governada até 1992 por Valdemar José De Souza (Fiím) (PMDB), na época Vereador de Mara Rosa e representante do distrito de Nova Iguaçu.