Fundada em 1735 por Manuel Rodrigues Tomar e Antônio de Sousa Bastos, que saíram do Arraial da Meia Ponte (atual Pirenópolis), para desbravar em buscas de riquezas no norte goiano, primeiro chegaram ao atual Trairás (também conhecido como Tupiraçaba), onde encontraram ouro de aluvial, ali fundaram uma vila que perdurou por anos em grande desenvolvimento chegou a ser uma das vilas mais desenvolvidas de Goiás, e foi por um dia a capital do império brasileiro e até hoje possui construções históricas que precisam ser rapidamente restauradas.
Em 1755, funda-se o povoado de São José do Tocantins, distrito de Trairás, que cresce às margens do Rio Bacalhau (nome dado pela grande presença desse peixe), onde logo fundaram a igreja de São José, a popular Matriz. A cidade cresce e começa a construir casas ao longo da matriz e começam a existir ruas: Rua direita, Rua da Saudade e Avenida do Cemitério e o Contorno da Matriz.
Em 1833 o povoado passa à categoria de município desmembrado do antigo município de Traíras.
Em 1903/1904, o geólogo brasileiro Freimund Heinrich Brockes (nascido em Blumenau/SC em 30 de outubro de 1880, faleceu em 3 de novembro de 1966 em Goiânia/GO) à procura de minérios de valor comercial na região, encontrou amostras na Serra da Jacuba que depois de analisadas em laboratórios, mostrou ser de minério de níquel.
Em 1932-34 com a participação de outros sócios da região de Blumenau/SC fundou a Companhia Níquel Tocantins, que mais tarde foi vendida a um grupo americano.
A descoberta fez com que a vila crescesse rapidamente, em população e riqueza. Em homenagem ao minério que lhe deu riqueza e fama, São José do Tocantins passa a se chamar Niquelândia, alterado, pelo decreto-lei estadual, nº 8305, de 31 de outubro de 1938.