A região foi desmembrada do Município de Pirenópolis, em 1892, passando a pertencer a Santana das Antas (atual Anápolis). Em 1894, Joaquim Taveira, anapolino, estabeleceu-se com sua família nas proximidades do Ribeirão Capivara, com um acampamento, passando da derrubada das matas para o cultivo de produtos agrícolas. Para a colonização do lugar, contou com o apoio de famílias que o acompanharam. O lugarejo nascente ficou conhecido como Matinha dos Taveiras. Em 1898, por sugestão de Fulgêncio Taveira, filho do fundador, o topônimo foi mudado para Campo Alegre, coerente aspecto da região após o desmatamento da floresta.
Em 1904, o povoado passou à condição de Vila. Extinta em 1913, foi restabelecida em 1918, com a denominação de Cerrado, topônimo alterado, em 1930, para Nerópolis em homenangem ao senador Nero Macedo.
A alta fertilidade das terras e a exuberância das pastagens favoreceram o crescimento rápido. Em divisões territoriais datadas de 31-12-1936 e 31-12-1937, figura no município de Anápolis o distrito de Nerópolis. No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Nerópolis permanece no município de Anápolis. Elevado à categoria de município com a denominação de Nerópolis, pela lei estadual nº 104, de 03-08-1948, desmembrado de Anápolis. Sede no antigo distrito de Nerópolis. Constituído do distrito sede. Com sua emancipação em 1948, o Município passou a constituir-se Termo de Comarca de Anápolis. Em Abril de 1949 o Município realiza sua primeira eleição para Prefeito e Câmara Municipal, que é composta por 7 (sete) vereadores. Logo após foi elevado à categoria de Comarca pela Lei n° 685, de 13 de Novembro de 1952. Em 3 de maio o senhor Bento Silva instala a Comarca de Nerópolis, sendo seu primeiro Juiz de Direito o Dr Osvaldo Costa. Em divisão territorial datada de 1-07-1960, o município é constituído do distrito sede.
Tem limites com os municípios de Ouro Verde de Goiás, Anápolis, Terezópolis de Goiás, Goianápolis, Goiânia, Santo Antônio de Goiás e Nova Veneza.
A cidade já foi considerada a “capital do alho do estado”. Hoje se destaca pela grande produção de doces, sendo chamada também como a “Cidade Goiana do Doce” e por ser celeiro de grandes times amadores do estado de Goiás como o Ajax (extinto), Nerópolis Tabajara, União Nerópolina e Americano, com vários títulos conquistados, inclusive a nível estadual.