Não se sabe ao certo a data de início do povoamento de Jaraguá. Entretanto, é certo que foi posterior a fundação do Arraial de Meia Ponte (1727) e ao de Santa Rita do Anta (1729), quando indivíduos estranhos à localidade penetraram na região, dando início a uma exploração clandestina de ouro. Após tê-los punido, as autoridades verificaram que, de fato, a região oferecia grandes possibilidades no setor. Isso levou a um enorme afluxo de aventureiros de toda a espécie à localidade. Perto dali vivia a tribo dos índios Jaguarás, de onde veio o nome do município.
Com a chegada dos legítimos donos, e através da exploração do braço escravo, o município conheceu um grande desenvolvimento, impulso inicial para que o antigo sonho dos pioneiros se transformasse em uma realidade. Em 1833, vieram para Jaraguá o padre Silvestre Álvares da Silva e seu coadjutor, padre Manoel Ribeiro de Freitas que ajudaram muito a assentar os alicerces primeiros do progresso do município. O povoado assumiu a denominação de Nossa Senhora da Penha de Jaraguá. Transformou-se em Vila por meio do decreto número 8, de primeiro de julho de 1833, desmembrado do município de Meia Ponte (atualmente, Pirenópolis). Foi elevada à categoria de cidade por meio da Lei Provincial nº 666, de 29 de julho de 1882, adotando o nome de Jaraguá. Atualmente é a sede da Comarca de terceira entrância.