Em 1927 Bernardino Vivaldo dos Santos e Francisco José de Moura, doaram 15 alqueires de terras a Santa Luzia, dando nascimento ao povoado de Água Limpa. Os fundadores fizeram uma promessa de que “se os revoltosos da Coluna Prestes passassem por suas fazendas sem saqueá-las, construíram uma capela à Nossa Senhora da Abadia e à Santa Luzia, para celebrar festas em seus louvores”. Assim em 1929 foi construída a capela, em torno da qual cresceu rapidamente o povoado. Em 4 de janeiro de 1935, Daniel Gomes conseguiu elevar o povoado a distrito de Mataúna (Palmeiras), instalando-o em 6 de março de mesmo ano.
A construção da rodovia Goiana a Rio Verde, em 1936, deu impulso ao distrito, que em 31 de dezembro de 1943 mudou seu nome para Jandaia, nome de um pássaro comum na região. Em 1º de janeiro de 1954 tornou-se município.
Jandaia se localiza na microrregião Serra do Caiapó-357, Sul de Goiás.
Possui diversas serras, entre as quais a do Paiol Queimado, da Cana Brava, do Lajeado, do Sumidouro, Barro Alto e Morro do Segredo. Os principais rios são: Turvo, Capivari e Galheiros, além de riachos menores.
Seus recursos minerais contam com algumas reservas de ouro, cristais de rocha e diamantes.
Na agricultura destaca-se na produção de milho, arroz, soja e algodão. A cana-de-açúcar já toma grande parte das terras cultivadas, contendo, inclusive, com uma destilaria de álcool.